Die ISA kann in gewissen Fällen Einwände bezüglich der Einheitlichkeit der Erfindung erheben, beispielsweise wenn die Anmeldung mehrere Erfindungen betrifft, die nicht miteinander durch einen gemeinsamen Konzept zusammenhängen. In einem solchen Fall wird der Anmelder aufgefordert, zusätzliche Gebühren zu entrichten, ansonsten der Prüfbericht nur auf der Basis der ersten beanspruchten Erfindung erstellt wird. Es ist auch möglich, die zusätzlichen Gebühren zu zahlen unter Vorbehalt, d.h. mit einer schriftlichen Stellungnahme gegen den Einwand der mangelnden Einheitlichkeit.