Afin de poursuivre la procédure, le déposant doit payer une taxe d'examen et une taxe de désignation pour chaque Etat désigné dans un délai de six mois après la publication du rapport de recherche. La demande est considérée comme abandonnée si les taxes ne sont pas payées. Dans le cas contraire, la demande est transférée à la division d'examen, généralement à Munich ou à La Haye.
La division d'examen examine la demande en la comparant notamment aux documents cités par l'examinateur de recherche dans le rapport de recherche. Lorsque la demande présente des irrégularités, par exemples un manque de clarté ou lorsque certaines revendications manquent de nouveauté ou d'activité inventive par rapport à l'art antérieur, la division d'examen envoie une notification écrite au demandeur ou à son mandataire en lui donnant un délai pour corriger ces déficiences ou pour contester les objections de l'examinateur. Le délai est habituellement de 4 mois et peut être prolongé à six mois sur simple requête écrite.
La division d'examen n'a pas la compétence de rejeter la demande de brevet sans laisser au demandeur l'occasion de se prononcer sur les objections formulées. Si la réponse du demandeur donne lieu à de nouvelles objections, une nouvelle notification doit être émise. La procédure peut donc théoriquement impliquer un nombre plus ou moins important d'échanges de notification et de réponses entre la division d'examen et le demandeur. En pratique toutefois, la division d'examen va généralement tenter de forcer le demandeur à répondre de manière complète aux notifications et à limiter le nombre de notifications nécessaires.

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